目前我國中水回用存在著不少的問題。首先，中水回用的應用范圍不夠廣泛，于部分缺水嚴重的城市，且大多數中水工程是由政府強制安裝;其次，在一些已經開展中水回用的地區，中水回用工程運營狀況不佳。

北京很多居民小區的中水回用工程閑置多年，造成嚴重的投資浪費。造成這種狀況的原因復雜，既有技術上的問題，也有經濟、制度上的問題。

*，認識問題。部分水價較高，并且缺水嚴重的地區，政府、企業和居民已經有了中水回用的意識，并且展開了富有成效的實踐。但是在水資源相對豐富、水價相對較低的南方地區，中水回用的意識還十分淡薄，公眾對中水的認識也十分缺乏，習慣上難以接受。

第二，工程建設問題。

(1)由于中水回用系統立于自來水供應系統，因此開展中水回用必然要求建設另一套給排水系統，使得中水回用系統只能在新建筑中使用;

(2)中水回用技術還在不斷發展當中，早期一些中水回用系統由于技術問題導致中水質量較差，成本過高，從而導致這些中水回用系統的閑置和浪費，同時也降低了更新中水回用技術的激勵;

(3)目前中水回用的主要模式是“自給自足”，即小區、酒店內部獨立建設一座的中水回用工程，由于水源的不穩定、回用規模較小，導致設施得不到充分利用，中水供給很不穩定，成本偏高。

部分地區已經成立了一定規模的中水公司，但是限于管網問題、運輸成本，也沒有得到廣泛應用。專業中水公司雖然降低了中水的處理成本，但是如何將中水輸送到用戶手中又成了一個問題，目前的解決方法是建設新的市政中水管線供水、送水車供水，顯然這會大大提高了中水的成本。

第三，價格問題。價格直接影響到中水的需求。目前由于技術和規模問題使得中水回用的成本偏高，一些規模偏小的中水回用工程中水的成本甚至超過了自來水的價格。自來水是中水直接的替代品，因此中水沒有競爭優勢。

第四，制度問題。目前我國還沒有一套適應中水回用的制度體系，包括中水回用標準、中水監管、中水工程投入等。

我國建筑中水回用執行的水質標準是現行的《生活雜用水水質標準》，該標準部分指標比發達國家的回用水水質標準還嚴格。這一方面使得許多現有中水工程不達標;另一方面，也限制了建筑中水工程的推廣和普及。

此外，中水回用的監管也存在缺位問題，在缺乏現場例行監測和管理部門監測的情況下，大部分建筑中水設施的運行實際上處于失控狀態，無法保證用戶用水要求。